Máriagyűd vidéke a kora-vaskortól lakott, Kr. e. a pannonok, majd a kelták telepednek meg itt.
Kr. u. az I. századtól a rómaiak vonják Pannóniát fennhatóságuk alá. Máriagyűd mellett vezetett az Eszéket Péccsel összekötő római út. A városokban megjelenő kereszténységnek a környék villagazdaságaiban nem maradt nyoma.

433-ban megszűnik a római uralom. Az átvonuló germán törzsek után a VII. században az avarok telepednek le, és itt megőrzik pogány hitvilágukat. Településeik a IX. századra elenyésznek.
A X. század végén telepednek itt le a magyarok.
1004-1007 között kezdi meg a fekete (pogány magyarok) megtérítését a szász Querfurti Brúnó missziós érsek.
1008-ban a térítést Szent István hittérítői fejezik be.
1009-ben megalakul a Pécsi Egyházmegye, és kiépül a polgári közigazgatás.
A XI-XIII. században a harsányi és siklósi váruradalmak virágzást és sűrű településhálózatot hoznak létre.
1290 körül említik a források először Máriagyűdöt – ekkor még Gyűdöt – mint a pécsi székeskáptalan birtokát.
1332-ben a pápai tizedjegyzékek szerint Gyűdnek plébániatemploma van. Se titulusa, se búcsúkiváltság-levele nem ismert a középkorból.
1537-ben Perényi Péter siklósi uradalmának falvait reformátussá teszi. Ekkor válik reformátussá Gyűd lakossága is.
1543-ban Siklós vára török kézre kerül. Gyűd templomát először szerb ortodoxok, majd magyar reformátusok használják istentisztelet céljára.
1686. október 30-án felszabadul Siklós, és letelepednek ferencesek. Gyűdöt legkésőbb ekkor a siklósi uradalomhoz csatolják.
A XVII. században legendák születnek, amelyek Gyűd középkori templomát ősi kegytemplomnak tartják.
1689-ben Mária-jelenések kezdődnek. A szigetvári várparancsnok, Gabriel Vecchi a gyűdi templomot visszaadatja a katolikusoknak, és a ferencesekre bízza.
1698-ban a siklósi ferences házfőnök Kaproncáról kegyszobrot hoz Gyűdre.
Az 1703-1711-es Rákóczi-szabadságharc alatt a ferencesek az első kegyszobrot a veszedelmek elől előbb Siklósra, majd Eszékre menekítik, amely azóta is ott van.
1704 húsvétján a kurucok ellen vonuló rácok Siklóson és környékén vérfürdőt rendeznek a visszatelepült katolikus lakosság és papjaik között.
1706-ban újra Mária-jelenések történnek. Az Eszékre került kegyszobrot Róma döntése értelmében a ferencesek Eszéken kell, hogy hagyják.
1713-ban Nesselrode Vilmos pécsi püspök új kegyszobrot adományoz a kegyhelynek, ez áll jelenleg is a főoltár trónusán.
1737-38-ban dühöng a pestisjárvány – könyörgő körmenetek jönnek Gyűdre.
1739 és 1742 között megnagyobbítják a templomot, majd felépítik a ferences rendház templom felőli részét. Felépül a Szent Mihály-kápolna a volt sekrestye helyén.
1746-tól Gyűd önálló rendház, ahol 3-5 ferences szerzetes él.
1772-73-ban elkészül a rendház lépcsőházon túli része is.
1784-ben a kegyszobor ezüst palástot kap.
1788-ban II. József császár kétmázsányi arany és ezüst fogadalmi ajándékot elkoboz, a rendházat bezáratja.
A csodás gyógyulások azonban folytatódnak: 1723-1799 között 302 esetet jegyeztek fel a zárda évkönyveiben.
1805-ben VII. Pius pápa Máriagyűdöt hivatalosan is kegyhellyé nyilvánítja, és búcsúkiváltságokkal látja el. A búcsús körmenetek egész évre állandósulnak.
1835-ben elkészül a gyóntatóudvar tíz gyóntatószékkel.
1846-tól ismét önálló rendház Gyűd.
1860-ban helyezik el a domboldalban a Fájdalmas Anya szobrát.
1862-ben elkészül a mai főoltár alsó része siklósi márványból.
1900-ban Hettyei Sámuel pécsi püspök felállíttatja a jubileumi keresztet. Ebben az évben készül el a mai orgona, amelyet azóta többször átépítettek.
1906-ban Tirolból Jézus Szíve-szobrot hoznak, amely az oldalkápolnába kerül, ahol színes üvegablakokat csináltatnak.
1927-ben Immaculata-szobrot állítanak a templom keleti oldalán.
1934. december 26-án Gyűd felveszi a „Máriagyűd”-nevet. 1977-ben Siklóshoz csatolják.
1935-ben öt új harangot szentelnek.

1936-ban elkészül a főoltár felső része fehér márványból.
1937-38-ban megépítik a templom melletti szabadtéri oltárt. Ekkor készül el az új Fájdalmas Anya-szobor, a Magyarok Nagyasszonya-szobor valamint a Szent Ferenc-szobor a várfal tövében.
1950. június 10-én állami nyomásra Márigyűdről távozniuk kell a ferenceseknek. A kegyhely gondozását egyházmegyés papok veszik át.
A kegyhely azonban tovább él. A XIX. század végi kálvárián ma látható Zsolnay-kerámia stációkép-sorozatot 1955-ben szentelik fel.
1972-ben restaurálják a templomot.
1976-ban új plébánia épül.
1985-ben nyugdíjas papi otthont emelnek a nagyszámú zarándok ellátásának segítésére.
A kilencvenes években a kegytemplom megújul: új tetőt, toronysisakot, Fűtést, padlózatot, világítást, sőt új freskókat is kap.
1998-ban külsőleg és belsőeg megszépülve fogadhatja a kegytemplom az Eszékről látogatóba érkező, 300 éves első kegyszobrot.
2008. június 24-én XVI. Benedek pápa „basilica minor” címet adományozott a kegytemplomnak. Ekkor készül a szentély berendezése.
2013-ban jubileumi Szentévvel ünnepli a Bazilika a 300 éves jelenlegi kegyszobrot.